Veamos las respuestas
El divorcio por mutuo consentimiento se tramita ante un Notario Público, se homologa en el Juzgado de Familia respectivo y se inscribe en el Registro Civil. Si todo está en orden desde el momento en que se firma el acuerdo hasta que aparecen divorciados no debería tardar más de 2-3 meses.
La patria potestad se puede disputar pero no solo porque a Ud. le da la gana o porque está peleada con su marido. Tienen que existir causales MUY GRAVES (que define el/la juez/a) para retirarle la patria potestad al padre, como por ejemplo, violencia sistemática contra el(la/las/los) menor(es), sea emocional o física. No basta así con que sea un "mal padre" en genérico (p.e. alcohólico) -y mucho menos un mal marido- para quitarle al padre los derechos sobre su(s) engendro(s).
Comentario aparte, parece extraño que estén de acuerdo en divorciarse pero que por otra parte Ud. quiera retirarle la patria potestad. Por un lado parece algo amistoso y por el otro totalmente litigioso, pero sabrá Ud. mejor que yo cómo está la situación.