Hola, saludos. Por lo general, en las empresas grandes o con un Departamento de Recursos Humanos llevan un expediente de cada persona trabajadora, el cual puede ser el que has llamado "expediente laboral". Por lo general tiene información sobre la fecha de inicio, salarios percibidos, incapacidades, licencias, títulos que acrediten capacitación técnica o universitaria, amonestaciones resultantes de faltas o prohibiciones contempladas en el Código de Trabajo y Reglamento Interno de Trabajo, promociones, entre otros detalles. Misma información que puede ser utilizadas para promociones en la empresa.
Una vez que termina la relación laboral este expediente laboral no se entrega a la persona trabajadora ni al patrono posterior. Es exclusivo para esa misma empresa, quedando a criterio de oportunidad y conveniencia la destrucción o almacenamiento del mismo durante un tiempo determinado.
En materia laboral puede haber alguna similitud con los expedientes que lleva el Instituto Nacional de Seguros en cuanto a prestaciones médicas y monetarias. Del mismo modo, en el registro que lleva la Caja Costarricense de Seguro Social en cuanto al reporte de planillas y el expediente médico.
No entiendo el alcance o qué debo entender por "manchado". Tal vez podrías ampliar lo que quieres decir.