Contribuyendo a la Investigación sobre la salud: Folding@home

Jorge Barrientos Valerio · 27 Apr 2012

Muy buenas. Podríamos pensar en iniciar una buena obra ayudando en la Investigación Científica. Folding@home de la Universidad de Standford nos da la oportunidad de hacerlo.

Folding@home investiga fundamentalmente la formación de las proteínas como proceso celular. En algunas ocasiones, cuando una proteína se forma mal, se producen alteraciones en el órgano donde esa proteína va a hacer su efecto. Es el casode Alzheimer, el Parkinson, Canceres, VIH y otros.

Nuestra ayuda consiste en procesar la información de esas investigaciones. El programade Folding@home está diseñado para trabajar solo. Es poco lo que debes dehacer. Para instalarlo puedes hacerlosiguiendo el instructivo de la página de nuestro Equipo Costa Rica -Pura Vida- Folding.

Estadísticas del Equipo "Costa Rica -Pura Vida- Folding" Número 208154:

Lista de participantes FaH

Lista de participantes KakaoStats

Estadísticas de producción del Equipo 208154

Posición del Equipo Costa Rica -Pura Vida- Folding 208154

Referencia: Folding@home en Wikipedia

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Jorge Barrientos Valerio · 29 Apr 2012

Barricada, un integrante del Equipo 208154: Costa Rica -Pura Vida- Folding ha alcanzado los 150 mil puntos. Felicitaciones!!!

El equipo va llegando a los 11 millones de puntos!! :felicidad:

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Budalcor · 29 Apr 2012

Mae, usted sabe donde encontrar el cliente ejecutable para usar la GPU? pero que de verdad la use, porque el ultimo que bajé usaba más CPU que GPU, no sé si era por drivers OpenCL muy verdes o qué, pero me ahuevé de que esa vara consumiera ciclos de CPU a lo bestia, tons lo dejé.

Por cierto, no espere muchas respuestas a este tema, este foro se reduce a salas de masajes, futbol, y esas cosas

Jorge Barrientos Valerio · 29 Apr 2012

@Budalcor

: Hola. Si instalas la versión 7.1 de Folding, ella sola te guiará con los clientes tanto del CPU como de la GPU. Es totalmente integrado. Ya Folding@ home liberó esta versión para uso público.

Muy bien que te intereses en colaborar con nuestro equipo. En cuanto a la posición de este hilo, donde crees que sería mejor ubicarlo? y con quien tengo que comunicarme para que lo reubique?
Agradecería tu consejo! Gracias por participar!!!

Jorge Barrientos Valerio · 29 Apr 2012

Bulkator: en términos generales las GPU de ATI hacen un uso fuerte del CPU, entre un 6 y 10%, según las características de cada equipo. Si es una tarjeta de Nvidia, la utilización del CPU es mínima, entre 0 y 2%.

Instala la nueva versión 7.1.52, es excelente, olvídate de la versión 6. Cualquier pregunta, con mucho gusto la vemos, ya sea aquí o en la página del Equipo: EQUIPO: Costa Rica -Pura Vida- Folding N.208154

Budalcor · 29 Apr 2012

Precisamente tengo una tarjeta AMD, que son superiores a las Nvidia en cuanto a cómputo paralelo y cálculo GPGPU, las cuales dan un rendimiento teórico en FLOPs en single-precision de hasta un 2500% por sobre el mejor CPU x86 (3.79 TeraFLOPs de una Radeon 7970 vs 150 GigaFLOPs de un core i7 3960K)

Mi tarjeta es una Radeon 6850, que da 1.26 TeraFLOPs, asi que con el cliente para GPU de Folding, podría aportar bastante, claro, sí el cliente ofrece soporte para OpenCL que sí soporta mi tarjeta.

Saludos.

Jorge Barrientos Valerio · 29 Apr 2012

Folding@home versión 7.1.52

Así es es una magnífica tarjeta. Además Folding@home les hizo un cliente especial para ese tipo de tarjeta con OpenGL, hará un par de meses. Cuando instales la versión 7.1.52, se te va a identificar e instalar el cliente adecuado.

Recuerda el passkey, si tienes el anterior sería aconsejable que lo continúes utilizando, igual el nombre, y podrías ayudar al Equipo Costa Rica -Pura Vida- que tiene el código 208154.

En la página del Equipo tenemos un instructivo para la instalación y ajustes. Úsalo y te agradecería mucho cualquier sugerencia para mejorarlo. Bienvenido al equipo!!!

Budalcor · 29 Apr 2012

Jorge estoy muy interesado en colaborar, pero tengo unas cuestiones que espero me responda: ¿cuantos usuarios forman parte del equipo al que estás unido? ¿cuales usan la GPU? ¿el hecho de que el cliente esté en estado beta, no da problemas de inestabilidad?, Y como curiosidad ¿cual ha sido el pico máximo en FLOPs que ha alcanzado el "cluster" por decirlo de alguna manera del equipo?.

Ya bajé el ejecutable, estoy viendo que esta version soporta Symmetric Multi-Processing, que gran avance! al menos que yo recuerde en la version que usé no lo ofrecía.

POr cierto, espero que los resultados no sean para beneficiar a la mafia de las farmacéuticas, sino a la humanidad entera...

Jorge Barrientos Valerio · 30 Apr 2012

Budalcor dijo:
Jorge estoy muy interesado en colaborar, pero tengo unas cuestiones que espero me responda: ¿cuantos usuarios forman parte del equipo al que estás unido? ¿cuales usan la GPU? ¿el hecho de que el cliente esté en estado beta, no da problemas de inestabilidad?, Y como curiosidad ¿cual ha sido el pico máximo en FLOPs que ha alcanzado el "cluster" por decirlo de alguna manera del equipo?.

Ya bajé el ejecutable, estoy viendo que esta version soporta Symmetric Multi-Processing, que gran avance! al menos que yo recuerde en la version que usé no lo ofrecía.

POr cierto, espero que los resultados no sean para beneficiar a la mafia de las farmacéuticas, sino a la humanidad entera...

Primero una NOTA GENERAL, para los lectores. Buldacor ha realizado algunas preguntas técnicas, que voy a contestar. Sin embargo el donante normal que no tenga conocimientos de informática, no los necesita para ayudar. El programa que procesa información se controla solo. De hecho la primer participante "LauraM", es una muchacha que no tiene ningún conocimiento especializado en informática, lo que si tiene son muchos deseos de ayudar a descubrir las curas de enfermedades como el Alzheimer, el Parkinson, Canceres, VIH y otros; por eso cuando tiene 15 horas diarias prendida su computadora, en el fondo, Folding@home, está aprovechando la capacidad ociosa del procesador.

Hola Buldacor, iré contestando los puntos uno por uno.

Desde que yo fundé el Equipo "Costa Rica -Pura Vida- Folding" a finales de Junio del 2011, hemos participado 26 personas. De las cuales nos mantenemos como núcleo duro, 8 donantes. Curiosamente, la primera persona que se unió al equipo fue "lauram", y se mantiene aún trabajando.
Yo soy el que mantengo 24/7, trabajando dos GPU, son 2xEVGA GeForce GTX 570 Superclocked. Otros miembros del equipo participan ocasionalmente con su GPU como JorgeAVM, Barrricada y Avalancha, unos con ATI, otros con NVIDIA.
No, en este momento todo el sofware y clientes ya son de uso público, ya pasaron la etapa beta, aunque como todo sofware, habrá que irle mejorando algunos aspectos. Pero yo lo utilicé muchos meses como probador beta y es estable.
No sabría decirte, habría que ir valorando cada computadora para saber. Todo el poder procesamiento de Folding at home, alcanza actualmente como 5330 Teraflops nativos. En el invierno pasado subió hasta 6250 Teraflops. Adjunto una imagen sobre la capacidad de procesamiento según el tipo de cliente. Notarás que Windows y Linux andan muy cerca 234-203 Tflops nativos. Otro aspecto interesante es que la capacidad aportada por ATI GPU es alrededor del 250% mayor que NVIDIA GPU.
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Si el SMP en el CPU trabaja muy bien. A diferencia de otros proyectos donde asignan una unidad de trabajo a cada hilo de procesamiento, SMP trabaja con un solo paquete de datos, administrando el procesamiento entre los diferentes hilos. Yo trabajo con SMP:8. El procesamiento en la CPU-GPU, se realiza con la misma estrategia, un solo paquete de trabajo donde se reparte el trabajo en forma simultanea entre los cientos de nodos que tenga la GPU.
La investigación básica que realizan las Universidades, en este caso la Universidad de Stanford, no es de carácter comercial. Recuerda que el objetivo principal, es lograr describir con modelos matermáticos-estadísticos, el comportamiento de las diferentes partes de la célula. En especial la formación de las proteínas, que son las nanomáquinas celulares. Posteriormente se pasa a la etapa de diseño de medicamentos. Todos lo que se descubra se inscribe como patentes públicas.

Budalcor · 30 Apr 2012

Jorge Barrientos Valerio dijo:
No sabría decirte, habría que ir valorando cada computadora para saber. Todo el poder procesamiento de Folding at home, alcanza actualmente como 5330 Teraflops nativos. En el invierno pasado subió hasta 6250 Teraflops. Adjunto una imagen sobre la capacidad de procesamiento según el tipo de cliente. Notarás que Windows y Linux andan muy cerca 234-203 Tflops nativos. Otro aspecto interesante es que la capacidad aportada por ATI GPU es alrededor del 250% mayor que NVIDIA GPU.
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Jeje yo hablaba del pico máximo que ha alcanzado el equipo "Costa Rica-Pura Vida"
Wow, tenés un SLI DE 570, que Nvidia XD.

Estoy viendo que los workunits son muy pesados, la meta de mi workunit asignada es de 10 días maximo para completar.

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Recuerdo que en mis comienzos duraba de 8 a 10 horas por WU

Budalcor · 30 Apr 2012

Ya casi llego al 10% de concresión de mi WU asignada en un ratillo que tengo la GPU breteando, por cierto vos sabés como configurar el cliente para que estrese la GPU al 50% y no al 100%, es que me da miedo un sobrecalentamiento XD

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Jorge Barrientos Valerio · 30 Apr 2012

Budalcor dijo:
Jeje yo hablaba del pico máximo que ha alcanzado el equipo "Costa Rica-Pura Vida"
Wow, tenés un SLI DE 570, que Nvidia XD.

Estoy viendo que los workunits son muy pesados, la meta de mi workunit asignada es de 10 días maximo para completar.
Recuerdo que en mis comienzos duraba de 8 a 10 horas por WU

Muy bien Budalcor, ya estas procesando tu primera unidad de trabajo en la GPU, con OPEN-CL. El proyecto 11293 y 11294 tratan sobre una simulación de la proteína "amiloide beta péptido" de 627 átomos, a altas temperaturas. Esta proteina está asociada con el Alzheimer.

Nota el número de átomos de esta proteína. Con el tiempo y la mayor capacidad de procesamiento se ha podido investigar proteínas con un elevado numero de átomos, y se seguirá incrementando en el tiempo.

El plazo preferido de 6 días y último plazo 10 días, son tiempos máximos, para personas que ponen atrabajar su computadora unas pocas horas al día. Si te fijas en la pantalla principal de procesamiento "Status", en ella te indica el tiempo durado para procesar un 1% "TPF", eso lo multiplicas por 100 y obtendrás el tiempo en que se va a procesar el paquete de datos.

Con respecto al "pico máximo que ha alcanzado el equipo", te decía anteriormente que no tengo los datos de las computadoras de los compañeros, por lo tanto no puedo hacer esa estimación.

Con respecto a las tarjetas GTX 570, te cuento que no están en LSI. No es necesario. Cada una de las tarjetas procesa un paquete por aparte, en forma totalmente independiente la una de la otra. Igual se puede hacer con cuatro tarjetas. Lo único interesante que he notado es que cuando se revuelven tipos de tarjetas diferentes, se tiende a tener problemas. Por ejemplo si mezclas una tarjeta sin FERMI con una que si lo tiene, o peor revolverlas con una tarjeta con KEPLER.

Con respecto al trabajo en la GPU, a menos del 100%. Todavía no han encontrado la forma para poder graduar este asunto. Lo están estudiando, parece que hay buenas posibilidades de poderlo graduar al igual que con la CPU, pero en las próximas versiones.

Muy bien, ahora a ver si podemos conseguir otro amigo que nos acompañe en esta aventura!!! Felicitaciones

Edit: yo uso mi computadora abierta, con un ventilador de 6 pulgadas soplando lateralmente!!!

Budalcor · 1 May 2012

Jorge, como sugerencia, venda esas 570 y se compra una Radeon 7970, son 3.79 teraflops de la Amd contra los 2.8 (1.4+1.4) teraflops máximos de las Nvidia (1 teraflops más!), y el consumo de electricidad de la Radeon es la mitad (casi) de esas 2 bichas, si como usted dice, tiene ese equipo 24/7, el cambio a la 7970 le va a sentar bien a su bolsillo a mediano plazo...

Sin contar el soporte más maduro de los drivers AMD al API OpenCL.

Por otra parte, viste que nadie ha respondido a este tema, como te dije, este foro se reduce a salas de masajes, futbol y esas cosas...

Edit: este es mi mensaje 570, que coincidencia.

Jorge Barrientos Valerio · 1 May 2012

Buldakor, el asunto de ATI vs NVIDIA, es muy parecido a los futboleros ALAJUELENSES vs SAPRISISTAS. Los argumentos de los dos equipos son apasionados. Seguramente ambos tienen razón.

Yo "admiro" las dos marcas, y ayudo a todo el que lo necesite, a favor de la causa común: Folding@home. Al fin y al cabo, tanto el equipo rojo como el verde pueden contribuir. Cuando compre nuevas tarjetas de video, serán NVIDIA, del equipo verde.

Ve la discusión que desencadené a propósito de la pregunta: Performance Nvidia vs ATI

Quería preguntarte, estás trabajando con el CPU? Con que SMP?
Disculpa, donde crees que deba estar ubicado este hilo?

En todo caso, muchas gracias por tu sugerencia. Se que tus intensiones son buenas. JUNTOS ADELANTE

Jorge Barrientos Valerio · 5 May 2012

Invitación a participar en Costa Rica -Pura Vida- Folding

Amigos estamos invitándolos al Equipo para el apoyo a la Investigación sobre el ALZHEIMER, PARKINSON, cáncer y otras en la Universidad de Stanford.

Nos gustaría que se integraran activamente al equipo. Llega a la página comunal y entérate, el tema es importante. Estamos HACIENDO ALGO POSITIVO POR LA HUMANIDAD.

Te esperamos en: www.facebook.com/Costa.Rica.Pura.Vida.Folding

Jorge Barrientos Valerio · 5 May 2012

Estadísticas del Equipo: Costa Rica -Pura Vida- Folding N. 208154

INSTALACIÓN: CostaRica -Pura Vida- folding

ESTADÍSTICAS DELEQUIPO
INTEGRANTES(stanford)
INTEGRANTES(kakaostats)
GENERALES
RADAR, Avance del Equipo

Budalcor · 19 May 2012

Por problemas con el disipador del CPU, no pude completar el primer WU asignado, pero por fin ya completé el primero, voy por el segundo.

Contribuyendo a la Investigación sobre la salud: Folding@home

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Sí, para garantizar la seguridad individual

No, para reducir el riesgo de incidentes violentos

Sí, son una cueva de profesores parásitos

No, son cunas del libre pensamiento

Sí, por el derecho a una muerte digna

No, por el respeto absoluto a la vida

En tendencia

Sí, podría dar un impulso económico

No, debido a las implicaciones morales y sociales negativas

Sí y también para la corrupción

No, por el riesgo de errores judiciales y la ética de la vida

Sí, por los beneficios económicos y de seguridad

No, debido a los potenciales riesgos para la salud y la sociedad